Дирекція
- директор: Лебедь Олександр Анатолійович (д.ф.-м.н. , старший дослідник)
- в.о. заст. дир. з наук. роботи: Лебединський Сергій Олександрович (к.ф.-м.н. , старший дослідник)
- заст. дир. з наук.-техн. роботи: Хоменко Валентин Григорович
- учений секретар: Ворошило Олексій Іванович (к.ф.-м.н. , старший науковий співробітник)
- почесний директор, радник: Сторіжко Володимир Юхимович (д.ф.-м.н. , академік НАН України)
№10 — Відділ фізики пучків заряджених частинок
- зав. відділу: Пономарьов Олександр Георгійович (д.ф.-м.н. , професор)
№20 — Відділ радіаційної біофізики
- в.о. зав. відділу: Калінкевич Олексій Миколайович (к.ф.-м.н. , старший дослідник)
№30 — Відділ ядерно-фізичних досліджень
- зав. відділу: Сторіжко Володимир Юхимович (д.ф.-м.н. , академік НАН України)
- в.о. заст. зав. відділу: Черненко В’ячеслав Валентинович
- №31 — Лабораторія рентгенівської фазоконтрастної томографії на основі малогабаритних прискорювачів
- №32 — Сектор експлуатації і модернізації електростатичних прискорювачів
- №33 — Сектор – Центр коллективного користування "Прискорювальний мас-спектрометр"
- №34 — Лабораторію фізико-хімічних досліджень водень- абсорбційних матеріалів
- №35 — Лабораторія прискорювачів прямої дії та іонної імплантації і модифікації реакторних матеріалів
- №36 — Лабораторія композитних матеріалів атомно-водневої енергетики.
№40 — Відділ квантової електродинаміки сильних полів
- в.о. зав. відділу: Новак Олександр Петрович (к.ф.-м.н. , старший науковий співробітник)
№60 — Відділ моделювання радіаційних ефектів та мікроструктурних перетворень у конструкційних матеріалах
- зав. відділу: Харченко Дмитро Олегович (д.ф.-м.н. , професор)
Вчена рада
- голова вченої ради Інституту: Сторіжко Володимир Юхимович (д.ф.-м.н. , академік НАН України)
- учений секретар вченої ради Інституту: Ворошило Олексій Іванович (к.ф.-м.н. , старший науковий співробітник)
Профспілка
Рада молодих вчених
- голова ради молодих учених: Лебединська Юлія Станіславівна (PhD)
Науково-дослідний центр ННП
- в.о. зав. НДЦ ННП: Шкурат Олександр Іванович
- Сектор науково – технічних та конструкторських розробок
- Сектор розроблення науково-навчальних приладів
Науково-організаційний відділ
- зав. відділу: Ворошило Олексій Іванович (к.ф.-м.н. , старший науковий співробітник)
Підготовка наукових кадрів
- керівник аспірантури: Лебедь Олександр Анатолійович (д.ф.-м.н. , старший дослідник)
- учений секретар: Ворошило Олексій Іванович (к.ф.-м.н. , старший науковий співробітник)
- гарант ОП: Лебединський Сергій Олександрович (к.ф.-м.н. , старший дослідник)
- працівник відповідальний за підготовку наукових кадрів: Колесник Марина Іванівна (к.ф.-м.н.)
Відділ інформатизації, патентно-ліцензійної роботи та впровадження розробок
- зав. відділу: Крикля Сергій Володимирович